Główne zainteresowania badawcze:

1. Genetyka w ochronie zagrożonych gatunków zwierząt
2. Genetyka populacyjna i filogeografia kuraków leśnych i ptaków drapieżnych
3. Genetyka populacyjna miejskich populacji dzikich gatunków zwierząt

Publikacje:

1. Moskwa B., Charon K. M., Cabaj Wł., Rutkowski R. 1998: The mean, distribution and repeatability of faecal egg counts in Polish Wrzosówka ewes following natural gastrointestinal nematode infection during two pasture seasons. Acta Parasitologica, 43: 148–153
2. Charon K. M., Moskwa B., Cabaj Wł., Rutkowski R. 1999: Wpływ naturalnej inwazji nicieni żołądkowo-jelitowych na wyniki produkcyjne owiec rasy wrzosówka. Medycyna Weterynaryjna, 55
3. Charon K.M., Moskwa B., Kurył J., Gruszczyńska J., Rutkowski R. 2001. Relationship between polymorphism in locus OMHC1 (MHC class I) and resistance to nematodes in Polish Heatherhead Sheep. Animal Science Papers and Reports 19: 285–292
4. Charon K.M., Moskwa B., Rutkowski R., Gruszczyńska J., Świderek W. 2002. Microsatellite polymorphism in locus DRB1 (MHC class II) and it’s relation to nematode fecal eggs count in Polish Heath Sheep. Journal of Animal and Feed Science. 11: 47–58
5. K.M. Charon, B. Moskwa, A. Winnicka, W. Świderek, R. Rutkowski, Z. Nowak. 2002. Relationship between natural nematode infection and leukocyte subpopulations in the blood of Polish Heath lambs. Helmintologia 39: 135–141
6. Charon M., Gruszczyńska J., Świederek W., Rutkowski R., Kijewska A. 2002. Polimorfizm genu DRB1 (MHC klasa II) i jego związek z odpornością owiec na infekcje bakteryjne i pasożytnicze. Przegląd Hodowlany – Zeszyty Naukowe 60: 327–339
7. M. Gajewska, R. Rutkowski, D. Łukasiewicz, E. Wirth-Dzięciołowska. 2002. Differences between C57BL/6 and C57BL/10 inbred mouse strains in chromosomes 2, 4. 13, 17 and 18. Animal Science Papers and Reports 20: 175–180
8. T. Malewski, A. Malewska and  R. Rutkowski. 2003. RT-PCR technique and its applications. State-of-the-art. Journal of Animal and Feed Sciences 12: 403–416
9. Dziedzic R., Rutkowski R., Rzońca Z., Steliga L. 2004. Źródła zagrożeń i kierunki ochrony głuszców (Tetrao urogallus) w Polsce. Problemy organizacji i funkcjonowania systemu ostoi siedliskowych Natura 2000 w Polsce. Zeszyty Naukowe Komitetu „Człowiek i Środowisko” PAN  38: 295–302
10. Rutkowski R., Niewęgłowski H., Dziedzic R., Kmieć M., Goździewski J. 2005. Genetic variability of Polish population of the Capercaillie Tetrao urogallus. Acta Ornithologica 40: 27–34.

11. Rejt Ł., Gryczyńska-Siemiątkowska A., Rutkowski R., Malewska A. 2005. Does egg sex ratio in urban Kestrels (Falco tinnunculus) differ from parity? Polish Journal of Ecology 53: 545–552
12. Rejt Ł., Rutkowski R., Gryczyńska-Siemiątkowska A. 2004. Genetic variability of urban Kestrels in Warsaw – preliminary data. Zoologica Poloniae 49: 199–209
13. Rutkowski R., Rejt Ł., Gryczyńska-Siemiątkowska A., Jagołkowska P. 2005. Urbanization gradient and genetic variability of birds — example of Kestrels in Warsaw. Berkut 14: 130–136.
14. Rutkowski R. 2005. Zasady techniki PCR. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych (M. Pilot i R. Rutkowski, red.): 35–49. Muzeum i Instytut Zoologii PAN, Warszawa.
15. Rutkowski R. Sekwencje mikrosatelitarne i ich wykorzystanie w badaniach zoologicznych. Zastosowanie metod molekularnych w badaniach ekologicznych (M. Pilot i R. Rutkowski, red.): 65–77. Muzeum i Instytut Zoologii PAN, Warszawa.
16. Jagołkowska-Tkaczuk P., Rutkowski R., Keller M. 2006. Taxonomical consequences of genetic diversity of Polish Hazel Grouse. Journal of Ornithology 147: 187–188

1. Rutkowski R., Rejt Ł., Szczuka A. 2006.  Analysis of microsatellite polymorphism and genetic differentiation in urban and rural Kestrels Falco tinnunculus (L.). Polish Journal of Ecology 54: 473–480.

18. Rutkowski R., Mazgajski T. D., Rejt Ł. 2006. Cross-species amplification of microsatellite loci in European woodpeckers (Picidae). Annales Zoologici 56: 819–826
19. Rutkowski R., Jagołkowska P., Mazgajski T. D., Rejt Ł. 2007. A mitochondrial DNA control region phylogeny of the European woodpeckers Picidae. Genus (suppl.) 14: 173–176
20. Rutkowski R., Olejniczak I., Boniecki P., Tereba A., Cybulska M., Parys A. 2007. Cross-species amplification of microsatellite loci in Orchesella flavescens (Apterygota: Collembola). Genus (suppl.) 14: 59–62
21. Rutkowski R., Keller M., Jagołkowska P. Populacje i podgatunki – genetyka molekularna w badaniach europejskich głuszcowatych Tetraonidae. Notatki Ornitologiczne 48: 260–274
22. Gryczyńska-Siemiątkowska A., Gortat T., Kozakiewicz A., Rutkowski R., Pomorski J., Kozakiewicz M. 2008. Multiple paternity in a wild population of the yellow-necked mouse Apodemus flavicollis. Acta Theriologica 53: 251–258
23. Rutkowski , Jagołkowska P., Mazgajski M. D., Rejt Ł. 2008. Mitochondrial marker for studying European woodpeckers on various taxonomic levels. Annales Zoologici 58: 907–913

1. Rutkowski R. 2008. Badania genetyczne polskiej populacji głuszca – cele, problemy, perspektywy. Ochrona kuraków leśnych (Małgorzata Haze, red.): 184–194, Centrum Informacyjne Lasów Państwowych, Warszawa
2. Rutkowski R., Zawadzka D., Jagołkowska P., Zawadzki J. 2009. Badania genetyczne głuszca — weryfikacja danych ekologicznych i kierunków ochrony. W: Zdobycze nauki i techniki dla ochrony przyrody w lasach (D. Anderwald, red.). Studia i materiały Centrum Edukacji Przyrodniczo-leśnej 21 (2): 75–83      
3. Kozakiewicz M., Gortat T., Panagiotopoulou H., Gryczyńska–Siemiątkowska A., Rutkowski R., Kozakiewicz A., Abramowicz K. 2009. The spatial genetic structure of bank vole (Myodes glareolus) and yellow-necked mouse (Apodemus flavicollis) populations: The effect of distance and habitat barriers. Animal Biology 59: 169-187
4. Rutkowski R., Sielezniew M., Szostak A. 2009. Contrasting levels of polymorphism in cross-amplified microsatellites in two endangered xerothermophilous, obligatorily myrmecophilous, butterflies of the genus Phengaris (Maculinea) (Lepidoptera: Lycaenidae). European Journal of Entomology 106: 457–469
5. Rutkowski R., Rejt Ł., Tereba A., Gryczyńska-Siemiątkowska A., Janic B. 2010. Population genetic structure of the European kestrel Falco tinnunculus in Central Poland. European Journal of Wildlife Research 56: 297–305. Published on-line: 16.09.2009: DOI 10.1007/s10344-009-0320-1,
6. Gortat T., Gryczyńska-Siemiątkowska A., Rutkowski R., Kozakiewicz A., Mikoszewski A., Kozakiewicz M. 2010. Landscape pattern and genetic structure of a yellow-necked mouse (Apodemus flavicollis) population in north-eastern Poland. Acta Theriologica 55 (2): 109–121
7. Sielezniew M., Ponikwicka D., Ratkiewicz M., Dziekańska I., Kostro-Ambroziak A., Rutkowski R. 2011. Diverging patterns of mitochondrial and nuclear diversity in the specialized butterfly Plebejus argus (Lepidoptera: Lycaenidae). European Journal of Entomology 108: 537–545
8. Rutkowski R., Szczuka A., Zalewski M., Korczyńska J., Gryziak G. 2011. Failure of microsatelite's cross-amplification in common ground beetle Pterostichus melanarius (Illiger). Baltic Journal of Coleopterology 11(1): 17–24
9. Sielezniew M., Rutkowski R. 2012. Population isolation rather than ecological variation explains the genetic structure of endangered myrmecophilous butterfly Phengaris (=Maculinea) arion. Journal of Insects Conservation 16: 39–50
10. Sielezniew M., Rutkowski R., Ponikwicka D., Ratkiewicz M., Dziekańska I., Švitra G. 2012.  Differences in genetic variability between two ecotypes of endangered myrmecophilous butterfly Phengaris (=Maculinea) alcon – the setting of conservation priorities. Insect Conservation and Diversity 5: 223–236
11. Rutkowski R., Keller M., Jagołkowska P. 2012. Population genetics of the hazel hen Bonasa bonasia in Poland assessed with non-invasive samples. Central European Journal of Biology 7: 759–775
12. Śmietana W., Rutkowski R., Ratkiewicz M., Buś-Kicman M. 2012. Ocena liczebności i zmienności genetycznej niedźwiedzi występujących na obszarze polskiej części Karpat [In Polish with English abstract] . W: Ochrona gatunkowa rysia, wilka i niedźwiedzia w Polsce (Jakimiuk S., Kryt N., eds): 67-88, WWF Polska, Warszawa 2012
13. Gortat T., Rutkowski R., Gryczyńska-Siemiątkowska A., Kozakiewicz A., Kozakiewicz M. 2013. Genetic structure in urban and rural populations of Apodemus agrarius  in Poland. Mammalian Biology, 78: 171–177, DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.mambio.2012.07.155
14. Popovic D., Panagiotopoulou H., Kleszcz M., Baca M., Rutkowski R., Heese T., Węgleński P., Stankovic A. 2013. Restitution of vimba (Vimba vimba, Cyprinidae) in Poland: genetic variability of existing and restored populations. Ichthyologic Research, 60: 149–158, DOI: 10.1007/s10228-012-0326-7
15. Patricelli D., Sielezniew M., Ponikwicka-Tyszko D., Ratkiewicz M., Bonelli S., Barbero F., Witek M., Buś M. M., Rutkowski R., Balletto E. 2013. Contrasting genetic structure of rear edge and continuous range populations of a parasitic butterfly infected by Wolbachia. BMC Evolutionary Biology 13: 14; http://www.biomedcentral.com/1471-2148/13/14
16. Bogdanowicz W., Lesiński G., Sadkowska-Todys M., Gajewska M., Rutkowski R. 2013. Population genetics and bat rabies: a case study of Eptesicus serotinus in Poland. Acta Chiropterologica 15: 35–56
17. Rutkowski R., Suchecka E., Zawadzka D. 2013. Migracyjność zależna od płci a genetyczna struktura populacji kuraków leśnych. Postępy Techniki w Leśnictwie 122: 28–33
18. Mitrus J.,  Mitrus C., Rutkowski R., Sikora M., Suchecka E. 2013. Characterisation of cross-amplified microsatellite markers in the red-breasted flycatcher Ficedula parva. Annales Zoologici 63: 517–523
19. Rutkowski R., Krupiński D., Kitowski I, Gryczyńska A. 2014. Preliminary analysis of genetic variability in Montagu's harrier (Circus pygargus) using cross-amplified microsatellites. Annales Zoologici 64(3): 535–547
20. Mitrus C., Mitrus J., Rutkowski R. 2014. Extra-pair paternity in relation to age of the Red-breasted Flycatcher Ficedula parva males. Avian Biology Research 7(2): 111-116
21. Śmietana W., Matosiuk M., Czajkowska M., Ratkiewicz M., Rutkowski R., Buś-Kicman M., Jakimiuk S. 2014. Ocena rozmieszczenia i liczebności niedźwiedzia brunatnego Ursus arctos (L.) we wschodniej części polskich Karpat. Roczniki Bieszczadzkie 22: 289–301
22. Gortat T., Rutkowski R., Gryczyńska A., Pieniążek A., Kozakiewicz A., Kozakiewicz M. 2015. Anthropopressure gradients and the population genetic structure of Apodemus agrarius. Conservation Genetics, 16: 649–659  DOI 10.1007/s10592-014-0690-0
23. Mitrus J., Mitrus C., Rutkowski R., Sikora M., 2015. Female red-breasted flycatchers Ficedula parva mated to older males produce male-biased broods. Wilson Journal of Ornithology 127 (2): 259-265
24. Gortat T., Rutkowski R., Gryczyńska A., Kozakiewicz A., Kozakiewicz M. 2015. Genetic variability in island populations of two rodent species: bank vole (Myodes glarteolus) and yellow-necked Mouse (Apodemus flavicollis). Annales Zoologici Fennici 52: 145–159
25. Sielezniew M., Patricelli D., Rutkowski R., Witek M., Bonelli S., Buś M. M. 2015. Population genetics of the endangered obligatorily myrmecophilous butterfly Phengaris (= Maculinea) arion in two areas of its European range. Insect Conservation and Diversity 8: 505–516
26. Minias P., Wojczulanis-Jakubas K., Rutkowski R., Kaczmarek K. 2015. Local heterozygosity effects on nestling growth and condition in the great cormorant. Evolutionary Biology 42: 452–460
27. Rutkowski R., Krupiński D., Kitowski I., Popovic D., Gryczyńska A., Molak M., Dulisz B., Poprach K., Müller S., Müller R., Gierach K-D. 2015. Genetic structure and diversity of breeding Montagu's harrier (Circus pygargus) in Europe. European Journal of Wildlife Research, 61: 691–701
28. Rutkowski R., Krofel M., Giannatos G., Ćirović D., Männil P., Volokh A.M, Lanszki J., Heltai M., Szabó L., Banea O.C., Yavruyan E., Hayrapetyan V., Kopaliani N., Miliou A., Tryfonopoulos G.A., Lymberakis P., Penezić A., Pakeltytė G., Suchecka E. and Bogdanowicz W. 2015. A European concern? Genetic structure and expansion of golden jackals (Canis aureus) in Europe and the Caucasus. PloS ONE 10: e0141236
29. Rutkowski R., Krzan P., Suchecka E. 2015. Charakterystyka genetyczna populacji głuszca w Tatrzańskim Parku Narodowym na tle innych karpackich populacji gatunku. Nauka Tatrom, t. II - Nauki Biologiczne, Zakopane 2015, 47–52

53. Minias P., Wojczulanis-Jakubas K., Rutkowski R., Kaczmarek K., Janiszewski T. 2016. Spatial patterns of extra-pair pater nity in a waterbird colony: separating the effects of nesting den sity and nest site location. Behavioral Ecology and Sociobiology 70: 369–376. DOI 10.1007/s00265-015-2056-0

1. Rutkowski R., Jagołkowska P., Zawadzka D., Bogdanowicz W. 2016. Impacts of forest fragmentation and post-glacial colonization on the distribution of genetic diversity in the Polish population of the hazel grouse Terastes bonasia. European Journal of Wildlife Research 62: 293–306 DOI. 10.1007/s10344-016-1002-4
2. Gortat T., Rutkowski R., Gryczyńska A., Kozakiewicz A., Kozakiewicz M. 2017. The spatial genetic structure of the yellow-necked mouse in an urban environment – a recent invader vs. a closely related permanent inhabitant. Urban Ecosystems 20: 581-594
3. Rutkowski R., Zawadzka D., Suchecka E., Merta D. 2017. Conservation Genetics of the Capercaillie in Poland - Delineation of Conservation Units. PLOS ONE 12(4): e0174901. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0174901
4. Bogdanowicz W., Rutkowski R., Gabrielyan B. K., Ryspaev A., Asatryan A. N., Mkrtchyan J. A., Bujalska B. M. 2017. Fish introductions in the former Soviet Union: the Sevan trout (Salmo ischchan) — 80 years later. POLS ONE 12(7): e0180605. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0180605

Główne projekty badawcze:

1. Zróżnicowanie genetyczne polskiej populacji błotniaka łąkowego Circus pygargus w kontekście jego ochrony. (w ramach grantu MNSW/NCN nr N N304 157839)
2. Procesy mikroewolucji w środowisku miejskim ― genetyczne i fizjologiczne efekty synurbizacji: model Apodemus. (w ramach grantu MNSW/NCN N N304 169539).
3. Badania genetyczne wsiedlanych ptaków oraz monitoring genetyczny populacji głuszca w Borach Dolnośląskich i Puszczy Augustowskiej (w ramach projektu LIFE 11NAT/PL/428).
4. Genetyka populacyjna miejskich bezkręgowców ― porównanie 'niedawnego najeźdźcy' i 'dawnego więźnia'. (w ramach grantu NCN: UMO-2013/09/B/NZ8) .
5. Badania genetyczne karpackiej populacji głuszca ( w ramach wspólpracy z Gorczańskim, Tatrzańskim i Babiogórskim Parkiem Narodowym)
6. Genetyka populacyjna, monitoring genetyczny i ocena liczebności krajowej populacji cietrzewia (min. w ramach wspólpracy z Karkonoskim Parkiem Narodowym)