INSTITUTION Museum and Institute of Zoology of the Polish Academy of Sciences

CITY Gdańsk-Górki Wschodnie POSITION Postdoctoral research assistant DISCIPLINE Biology

POSTED 25.10.2019 r.

EXPIRES 27.11.2019 r.

WEBSITE www.miiz.waw.pl

KEY WORDS evolutionary genomics, adaptation in dolphins, Morbillivirus infection, exome-capture, bioinformatics

DESCRIPTION (field, expectations, comments): ……………………………………...

A postdoctoral research assistant position is now open in a newly established research group led by Dr Andre E. Moura at the Museum and Institute of Zoology of the Polish Academy of Sciences, starting in early 2020. The research group is focused on cetacean ecology and evolution, and this position will be part of the NCN funded project titled ”Analysis of micro-evolutionary changes in a host genome in response to multiple viral infections in wild animals”. The project will involve genomic analyses of dolphins in relation to pathogenic infection. The successful candidate will also have the opportunity to participate in other research project of the group, and will be encouraged to apply for further funding after the projet is finished.

The position is available for 2 years and 9 months, and includes a three month probation period. The expected start date is the 3rd of February 2020. The research group is based at the Research Station of the Museum and Institute of Zoology (MIZ), Polish Academy of Sciences in Gdańsk – Górki Wschodnie, and maintains strong links with the main research facilities of the MIZ in Warsaw. Therefore, research visits at the main MIZ facilities in Warsaw may be required as part of the job duties. The Research Station also hosts groups working on canid genomics and avian immunogenetics.

Work description

This position will involve carrying out research work as agreed with the group leader. This may involve all the stages of research, including sample collection, laboratory work, data analysis, and preparation of manuscripts for publication, as well as participation in the supervision of PhD students as a second supervisor and contribution to administrative tasks associated with the project. The work will require learning and development of new laboratory procedures and new methods of data analysis, and therefore strong self-motivation and willingness to learn is essential. The successful applicant will be expected to contribute to grant applications submitted by the group, and will be encouraged to apply for independent funding available for early career researchers. The postdoctoral researcher will thus have the opportunity to propose and explore new research questions within the general remit of the research group.

Requirements

The post-doctoral assistant will be an expert in Bioinformatics, with background (BSc or MSc degree) in bioinformatics, computer science, systems biology or related fields, and a PhD degree (awarded or to be awarded soon) in a relevant area. The PhD degree should have been awarded no earlier than 7 years before the start of employment. The following essential skills are required:

1. Excellent knowledge of Linux/Unix environment;

2. Proficiency with at least one coding language (e.g. Python, Perl, Unix Shell scripts);

3. Experience with processing NGS data;

4. Good organisational skills;

5. Experience with large databases;

6. Ability to work independently and to communicate with a multi-disciplinary team;

Desirable skills include:

7. Experience with analyzing whole-genome datasets, aligning to reference genomes, SNP detection;

8. Experience with software for evolutionary genomic analyses;

9. Experience with online genomic databases;

10. Good understanding of natural selection theory;

11. Good understanding of mammalian immune system;

12. Experience of working in an international team.

Research environment

The research at the MIZ is focused on a broad range of themes in animal biology, including systematics, biogeography, evolutionary biology, ecology and population genetics. Andre Moura’s research group is part of the Laboratory of the Molecular and Biometric Techniques led by Prof. Wieslaw Bogdanowicz, grouping researchers focused on population genetics, phylogeography and evolutionary genomics of a broad range of animal taxa. MIZ laboratories contain modern equipment for genomic analyses, including Pacific Biosciences RSII long-read sequencer and Illumina MiSeq System. The state-of-the-art ancient DNA laboratory carries out work on mammalian palaeogenetics. The Museum’s zoological collection is among the largest and most valuable in Europe.

Employment conditions

Employment period: 33 months, subject to a 3-month probation period. Start date: 2 January 2020. The salary is funded by the Polish National Science Centre (NCN).

Documents required in the application

1. Copy of a PhD certificate

2. Curriculum vitae including the publication list, with the following statement provided at the end and signed:

“I give my consent to the processing of personal data provided in this document by the Museum and Institute of Zoology PAS for the purpose of the recruitment process pursuant to the Personal Data Protection Act of 10 May 2018 (Journal of Laws 2018, item 1000) and in agreement with Regulation (EU) 2016/679 of the European Parliament and of the Council of 27 April 2016 on the protection of natural persons with regard to the processing of personal data and on the free movement of such data, and repealing Directive 95/46/EC (General Data

Protection Regulation)”.

3. Motivation letter (maximum one page)

4. A copy of one research paper to be evaluated in the recruitment process

5. Contact details of two persons who can be contacted for references.

These documents should be sent to Andre Moura Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. no later than 27.11.2019. The title of the message should be “Application for a postdoctoral position in dolphin genomics”. Informal inquiries can also be addressed to Andre Moura.

The interviews of shortlisted candidates will take place between 2 and 6 of December at the Research Station of the Museum and Institute of Zoology PAS in Gdańsk-Górki Wschodnie. A Skype interview can be arranged.

The candidate selection is expected to be completed by 20 December 2019.

INSTYTUCJA: Muzeum i Instytut Zoologii PAN

MIASTO: Gdańsk-Górki Wschodnie

STANOWISKO: Adiunkt

DYSCYPLINA NAUKOWA: Biologia

DATA OGŁOSZENIA: 25.10.2019 r.

TERMIN SKŁADANIA OFERT: 27.11.2019 r.

LINK DO STRONY: www.miiz.waw.pl

SŁOWA KLUCZOWE: genomika ewolucyjna, adaptacja u delfinów, infekcja wirusem Morbillivirus, wychwytywanie egzonów, bioinformatyka

OPIS (tematyka, oczekiwania, uwagi): ……………………………………...

Poszukujemy pracownika naukowego na stanowisko adiunkta w nowo-utworzonej grupie badawczej kierowanej przez Dr Andre Moura w Muzeum i Instytucie Zoologii PAN, z datą rozpoczęcia od lutego 2020 r. Grupa ta zajmuje się ekologia i ewolucją gatunków z podrzędu Cetacea, a ogłaszane stanowisko dotyczy pracy w projekcie finansowanym przez NCN pod tytułem "Analiza zmian mikroewolucyjnych w genomie gospodarza w odpowiedzi na wielokrotne infekcje wirusowe u dzikich zwierząt". Praca nad projektem będzie obejmować analizy genomiczne delfinów w relacji do infekcji wirusowej. Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie miała również możliwość uczestnictwa w innych projektach badawczych realizowanych przez grupę i będzie zachęcana do starania się o fundusze na dalsze badania po zakończeniu projektu.

Okres zatrudnienia na tym stanowisku to 2 lata i 9 miesięcy, włączając 3-miesięczny okres próbny. Planowana data rozpoczęcia pracy to 3 lutego 2020. Siedzibą grupy badawczej będzie Stacja Ornitologiczna Muzeum i Instytutu Zoologii (MIZ) PAN w Gdańsku – Górkach Wschodnich. Grupa utrzymuje silny związek z główną siedzibą MIZ PAN w Warszawie i z tego względu wizyty badawcze w Warszawie mogą być wymagane w ramach obowiazków służbowych. W Stacji Ornitologicznej MIZ pracują również grupy badawcze zajmujące się genomiką psowatych oraz immunogenetyką ptaków.

Opis zadań i obowiązków

Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie prowadzić prace badawcze uzgodnione z kierownikiem grupy. Prace te mogą obejmować wszystkie etapy, od zbioru próbek przez prace laboratoryjne i analizę danych po przygotowywanie prac do publikacji, a także udział w opiece nad doktorantami jako promotor pomocniczy i wykonywanie zadań administracyjnych związanych z realizacją projektu. Praca na tym stanowisku będzie wymagała poznawania i opracowywania nowych procedur laboratoryjnych oraz nowych metod analizy danych, dlatego konieczna jest silna motywacja do rozwoju naukowego. Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie uczestniczyła w przygotowywaniu wniosków grantowych składanych przez grupę i otrzyma wsparcie w pracy nad własnymi wnioskami o granty i stypendia dla naukowców na wczesnych etapach kariery. Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie zatem miała możliwość rozwijania nowych kierunków badań w obrębie tematyki badawczej grupy.

Wymagania

Wymagane jest doświadczenie w bioinformatyce, z tytułem magistra lub licencjatem w bioinformatyce, informatyce, biologii systemów lub pokrewnej dyscyplinie oraz stopniem doktora (nadanym lub spodziewanym przed rozpoczęciem zatrudnienia) w jednej z tych dziedzin. Stopień doktora powinien być nadany nie wcześniej niż 7 lat przed rozpoczęciem zatrudnienia. Kandydat powinien spełniać następujące wymagania:

1. Bardzo dobra znajomość systemu Linux/Unix;

2. Biegła znajomość co najmniej jednego języka programowania (np. Python, Perl, Unix Shell scripts);

3. Doświadczenie w analizie danych z NGS;

4. Zdolność do efektywnej organizacji pracy;

5. Doświadczenie w pracy z dużymi bazami danych;

6. Zdolność do samodzielnej pracy i do efektywnej komunikacji z interdyscyplinarnym zespołem.

Dodatkowe mile widziane umiejętności:

1. Doświadczenie w analizie całych genomów w odniesieniu do genomów referencyjnych oraz w detekcji SNPów;

2. Doświadczenie w pracy w programami do analiz w dziedzinie genomiki ewolucyjnej;

3. Doświadczenie z internetowymi bazami danych genomicznych;

4. Dobra znajomość teorii doboru naturalnego;

5. Dobra znajomość układu odpornościowego ssaków;

6. Doświadczenie w pracy w międzynarodowych zespołach badawczych.

Badania naukowe w MIZ PAN

Badania w MIZ obejmują szerokie spektrum zagadnień z dziedziny zoologii, w tym systematykę, biogeografię, biologię ewolucyjną, ekologię i genetykę populacji. Grupa Dr Andre Moura należy do Pracowni Technik Molekularnych i Biometrycznych kierowanej przez Profesora Wiesława Bogdanowicza, która grupuje naukowców zajmujących się genetyką populacji, filogeografią i genomiką ewolucyjną szerokiego spektrum gatunków zwierząt. Laboratoria MIZ są wyposażone w nowoczesny sprzęt do sekwencjonowania nowej generacji, w tym sekwenatory Pacific Biosciences RSII Illumina MiSeq System. W nowoczesnym laboratorium antycznego DNA prowadzone są prace nad paleogenetyką ssaków. Kolekcja zoologiczna Muzeum jest jedną z największych i najcenniejszych w Europie.

Warunki zatrudnienia

Okres zatrudnienia: 33 miesiące, z 3-mięsiecznym okresem próbnym. Termin rozpoczęcia pracy: 3 lutego 2020. Pensja jest fundowana przez Narodowe Centrum Nauki.

Dokumenty wymagane we wniosku

1. Kopia dyplomu doktorskiego

2. Curriculum vitae w języku angielskim wraz z listą publikacji oraz z dołączonym na końcu podpisanym oświadczeniem:

„Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych przez Muzeum i Instytut Zoologii Polskiej Akademii Nauk w Warszawie w celu uczestnictwa w procesie rekrutacyjnym, zgodnie z Ustawą z dnia 29.08.1997 r. o Ochronie Danych Osobowych: tekst jednolity (Dz. U. 2016 r. poz. 922 z późn. zm.).”

3. List motywacyjny w języku angielskim (nie więcej niż jedna strona);

4. Kopia jednej publikacji do oceny w procesie rekrutacji;

5. Dane kontaktowe do dwóch osób, które można poprosić o opinie o kandydacie.

Dokumenty te powinny zostać wysłane do Andre Moura Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. nie później niż 27.11.2019 r. w wiadomości zatytułowanej “Application for a postdoctoral position in dolphin genomics”. Pytania dotyczące tego stanowiska mogą być kierowane do Andre Moura.

Rozmowy kwalifikacyjne wybranych kandydatów odbędą się między 2 a 6 grudnia 2019 w Stacji Ornitologicznej Muzeum i Instytutu Zoologii PAN w Gdańsku-Górkach Wschodnich. W razie potrzeby rozmowa może odbyć się przez Skype.

Konkurs zostanie rozstrzygnięty najpóźniej 20 grudnia 2019.

Offert of PhD position - project on ant-butterfly coevolution
Download this file